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在线生物信息分析平台年底上线 提高研究效率
时间:2020-05-09 13:31  来源:  作者:admin666

  在线生物信息分析平台年底上线 实现‘数据不落地’提高研究效率

  中新网上海5月6日电 (记者 张亨伟)6日,记者从上海科技创新资源数据中心获悉,由数据中心研发基于PaaS的在线生物信息分析平台G-Xpert已基本完成,预计于今年年底全面上线。这是上海科技创新资源数据中心作为上海首批建设的十八家功能型平台之一,以技术实力为基础,以服务社会为导向,履行社会公益职能的又一次实际行动。

  数据中心首席技术官张嘉锐介绍:“数据中心将充分利用现有资源优势,整合相关领域的专家资源,通过部署各领域专家背书的分析流程以及PaaS级别的定向优化,大大降低使用门槛,使科研人员和医务工作者提高研究效率,实现‘数据不落地’的在线协同。”

  今年疫情期间,数据中心推出的病毒基因组检测服务,就是该生信分析平台的主要功能之一,用户只需上传呼吸道样本的二代测序数据,即可在3小时内检测出是否含有新型冠状病毒。

  中科院上海巴斯德研究所郝沛研究员表示:“病毒检测平台,直接对接人体样本的RNA二代测序原始数据,具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能,实现了快速检测样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒,并在线分析其相对载量,协助医院机构做出快速专业的判断”。

  据后台数据显示,截至2020年5月6日12点,病毒基因组检测平台共向来自上海市公共卫生临床中心、复旦大学、复旦大学附属儿科医院、遵义医科大学等机构的用户提供了224次检测服务,检出了包括Covid-19、HepatitisBvirus、InfluenzaAvirus在内的近10种病毒。

  未来,数据中心还将根据业务实际需求,除了在线分析外,将对于医院、疾控中心等涉及敏感数据的机构,协助完成本地化部署检测流程和云平台,提升实时检测的能力。(完)

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